引言
面对死板且不容置疑的教会，宗教改革开始了对于教皇权威的挑战。改革者们一致认为应摧毁教会原有的秩序，但是在重建问题上却起了分歧。此时出现了一大批神学改革家，且每个抗议的城市都要求进行自我改革，反对建立统一的新教教会。自此，抗议运动催生出了多个独立的宗教派别。
正如所有的改革运动一样，开始大家一腔热情，打破旧秩序，随后便又陷入专制。如同钟摆的来回摆动，改革者路德所倡导的反抗者的自由，在日内瓦又变成加尔文手中严苛的秩序与条律。科学和医学在新教世界里的发展，并不意味着新教神学家就比天主教神学家们更为支持新的科学思想。但是神学家们反对科学的声威却明显减弱了。新教最初为反对教会权力的泛滥而设立，因而只能牺牲宗教以促进世俗权力的发展。
笛卡儿惊于教会对于伽利略的处罚，遂流亡到荷兰。荷兰*府秉承宽容的原则，不顾新教神学家们的反对，热烈欢迎他的到来。另外，新教同天主教一样没有中央*权，也没有诸如宗教裁判所之类的爪牙。但是，以发生于16世纪的神学与科学之间的主要斗争为例，新教教徒表现得比天主教徒更为恶*。路德就曾用言语攻击哥白尼：“有些人听信新晋占星家的邪说，一心想要证明是地球在转动，而非天空、太阳或月亮……
这个傻瓜妄图推翻所有的天文科学；但是《圣经》告诉我们，若苏埃命令太阳而非地球停下。”梅兰希通完全同意他的观点，加尔文补充道：“谁胆敢将哥白尼的权威置于圣灵的权威之上？”虽说科学在新教世界里得到了发展，但这并不是因为受到路德或者加尔文的支持，而是受益于新教伦理。新教伦理也有助于资本主义的发展。关于此点，马克斯·韦伯在他的著作《新教伦理与资本主义精神》中已有说明。
新教虔诚派的教义将工作视为一种义务、一种目的，由此促进了许多职业的诞生。路德严格处罚那些选择逃避世界、企图通过祷告和静修来表达对上帝的热爱的天主教僧侣，他认为这是一种无效的、自私的选择。他主张人们选择在今世苦行，目的是通过今世暂时的劳作，来表达对来世的爱。人们应该舍弃今世的幸福与欢愉，并信仰上帝，不应避世独居，而应投身于对社会有益的事之中。
面对宗教改革，天主教世界通过发起反改革运动予以回击。特伦托会议便是拉丁基督教对于新教的回应。将罗马与日耳曼蛮人分离开来的传统边界线上，西方基督教国家的断痕宛然。对应于两种不同的语言、两个相异的精神空间，天主教和新教成为自蒙昧时代以来便对峙的两个世界对立的新形式。收复失地运动的好战精神以及自美洲涌入的财富，让西班牙人在主教会议上成为罗马教廷最狂热的拥护者。
此时的西班牙神学思想活跃，涌现出一大批名士。其中有大德兰、圣依纳爵·罗耀拉和米格尔·塞尔韦特。天主教的反击主要从三个方面展开。一是重新恢复宗教裁判所，建立最高法庭，即圣职部。圣职部人员由教皇任命的主教们组成。二是在多明我会的影响下进行重新定义教义。多明我会强制人们学习他们的老师托马斯·阿奎那的著作，阿奎那因此被尊为教会博士。
通过他，人们也学习其导师亚里士多德的作品。天主教会的欧洲自此具备了一种控制科学思想的极权制度，所依靠的便是斯塔吉拉的作品，这些作品的影响一直延续至18世纪。三是对科学而言极为有益，那便是修会的增加，比如依纳爵·罗耀拉创立耶稣会。作为反宗教改革的长矛，该修会在西方的科学革命当中扮演着决定性的角色，因为它肩负教育功能，制度完备，其最具权威的组织要数罗马学院。
耶稣会士有三个目标：对神甫的教导、对年轻人的基督教教育以及对人民的精神改造。血液小循环的“疑案”，到了这一阶段，血液小循环的发现史进展到了哪一步呢？让我们来回顾一下盖伦留下来的重大错误：室间隔的渗透性和荒诞的血液循环理论。后来的阿维森纳不过是重复了希腊大师的错误理论。13世纪，伊本·纳菲斯在他对《医典》的评论中，纠正了盖伦和阿维森纳的错误。
但是自他去世后，其著作也随之湮没，好似并未在西方历史上存在过一样。这是因为意大利和西班牙的翻译运动只停留在对12世纪以前古希腊和阿拉伯大师的著作的译介，而对后来的阿拉伯著作却未
